Конец XX века. Интегра Хеллсинг, ещё будучи девочкой, унаследовала от отца руководство секретной организацией «Хеллсинг». Эта организация более ста лет защищает Британию от нежити. Интегра также контролирует Алукарда, могущественного вампира. После очередной операции по уничтожению нежити Интегра отмечает рост числа спонтанно возникающих вампиров и зомби. Противостояние «Хеллсингу» теперь составляют два противника. Один из них – 13-й отдел Ватикана «Искариот», состоящий из боевых магов под командованием Александра Андерсона. Другой – тайная организация «Миллениум».