В первый день учебы Харухи Судзумия заявляет одноклассникам, что ей безразличны обычные люди. Она готова общаться лишь с инопланетянами, путешественниками во времени и людьми, обладающими экстрасенсорными способностями. Понять серьезность ее намерений, кажется, не требует особых способностей. Главная героиня, одна из самых необычных в аниме, собирает вокруг себя команду, которую она называет «SOS».