Четверо братьев-черепах, выросших в канализациях Нью-Йорка, ведут скрытый от людей образ жизни. Они изучают ниндзюцу и стремятся адаптироваться к обычной подростковой жизни. Подруга Эйприл О’Нил помогает им в этом. Вскоре они сталкиваются с опасной угрозой: преступным синдикатом и армией мутантов, чьи действия требуют немедленного вмешательства.