Бен Теннисон нашел инопланетные часы Омнитрикс пять лет назад. Теперь ему пятнадцать, и он старается жить как обычный подросток, не прибегая к силе Омнитрикса. После победы над Вилгаксом Бен больше не использовал часы. Дедушка Макс внезапно исчез. Бен рассказывает об этом своей кузине Гвен. Он решает снова надеть Омнитрикс и выяснить, что случилось с дедушкой. Вместе они начинают расследование и узнают, что инопланетяне готовят новые угрозы. Оказывается, новая раса инопланетян планирует уничтожить жизнь не только на Земле, но и во всей Галактике.