Профессор университета обнаруживает старинный свиток, после чего подвергается воздействию древнего японского демона грома и молнии. Демон стремится проникнуть в мир людей и подчинить его своей воле. Бюро по Исследованию Паранормальных Явлений и Защите направляет Хеллбоя и его команду для расследования. В ходе следствия Хеллбой берёт в руки самурайский меч и внезапно переносится в мир японских легенд, населённый призраками и чудовищами. Агенты Кэйт Корриган и Рассел Торн преследуют профессора, одержимого демоном, чтобы вернуть Хеллбоя.