Кей Кусанаги, ученик старшей школы, однажды ночью увидел у озера необычное явление – огромную водяную воронку. В воронке появилась женщина-инопланетянка, одетая в чёрный костюм. На следующий день в классе Кея появилась новая учительница, Мидзухо Кадзами. Она стала их классным руководителем, начав преподавать посреди учебного года. Вернувшись домой, Кей обнаружил, что новая учительница переехала жить в соседний дом.