В древнем Египте правители развлекались магическими поединками, известными как «Игры теней». Эти состязания высвободили мощную темную энергию, угрожавшую уничтожением миру. Чтобы остановить её, фараон заключил силу в Тысячелетних артефактах. Спустя пять тысяч лет, мир увлекся карточной игрой «Duel Monsters», напоминающей древние «Игры теней». Игра использует компьютерные технологии. Юги Муто, школьник и лучший игрок в «Duel Monsters», хранит тайну. Он разгадал секрет Тысячелетней головоломки и выпустил заточенную в ней силу.