В Южной Японии, в чудесном городе, расположенном в альтернативном мире, где наука переплетается с магией, живет Тома Камидзё. Он когда-то спас мир, но теперь не помнит об этом. Тома мог бы забыть о своих подвигах или о летнем задании, но не о появлении шумного существа в белом, поселившемся у него дома. Индекс вновь вовлекает Тому в череду событий, связанных с запрещенными книгами, английскими рыцарями, римскими католиками и японскими заговорщиками. Зрители вновь встретятся со знакомыми персонажами из предыдущих сезонов. Тем временем, Тома жалуется на свою невезучесть. В пригородах Академгорода христианские маги вступа