Действие разворачивается спустя годы после предыдущих событий. Журналист Стенли Маус отправляется на поиски легендарного племени котов, скрытого где-то в Африке. Ему удается обнаружить их, однако это открытие ставит под угрозу существование мышиной цивилизации. Специальному агенту Нику Грабовскому вновь предстоит вмешаться, чтобы предотвратить глобальную катастрофу.