В изменённом мире Фубуки, Юдати и Муцуки воплощают духи военных кораблей и подводных лодок, действовавших во время Второй мировой войны. Неожиданно из морских глубин на Землю вторглась загадочная армада, именующая себя Флотом глубокого моря. Они уже контролируют значительную часть мирового океана и теперь стремятся к захвату суши. На военно-морскую базу, где девочки-корабли готовятся к отражению нападения, прибывает Фубуки, эсминец. С этого момента её ждёт череда событий и борьба с врагом вместе с подругами.