Май Токиха и её брат Такуми получают возможность учиться в частной школе Фука благодаря стипендии. Семья пережила потерю матери и нуждается в финансовой поддержке. По пути в школу, на пароме, Май спасает девушку по имени Макото, у которой в руках большой чёрный меч. Вскоре на судно проникает Нацуки, преследующая Макото. Между девушками происходит поединок с применением магии, в результате которого паром повреждается. Защищая Макото, Май обнаруживает в себе необычные способности, известные как HiME-способности. Нацуки отступает, поражённая силой Май. Так Май знакомится с другими девушками-HiME. Вместе им предстоит противостоять Сиротам – та