Действие Soul Eater Not разворачивается одновременно с событиями оригинальной истории, а в некоторых моментах – предшествует им. Это время, когда Мака и Сол только начинали свой путь. В центре сюжета – девушка-оружие Цугумэ. Она впервые поступает в академию и до этого момента ни разу не трансформировалась в оружие.