Ниндзюцу сохранилось и после эпохи Токугава, хотя и скрылось от посторонних глаз. Ниндзя теперь работают на правительство, их обучают в тайне, в обычных школах. Токийская академия Хандзо – одна из таких школ. Пять учениц, Асука, Икаруга, Кацураги, Ягю и Хибари, тренируются под руководством Кирия-сэнсэя. Асука успешно сдала экзамен, и в качестве награды сэнсэй поручил ей и другим ученицам задание в торговом районе. В ходе выполнения миссии выясняется, что в Японии существуют и другие группы девушек-ниндзя. Их цели и идеалы не всегда совпадают с принципами государственной службы и справедливости.