События разворачиваются в будущем, спустя 33 года после вторжения пришельцев JAM через гиперпространственный переход. Объединенные силы стран мира и ООН оттеснили врага на планету Фея, где продолжаются боевые действия. На Земле война с JAM постепенно воспринимается как вымышленный сюжет. Лейтенант Рэй Фукаи – пилот истребителя «Вьюга», обладающего искусственным интеллектом, высокой боевой эффективностью и маневренностью. Он служит в 5-м подразделении Специальных Воздушных Сил (SAF), входящем в состав Воздушных Сил Феи (FAF). Пришельцы JAM освоили копирование земных технологий и предприняли попытку проникнуть в ряды FAF, что ставит под угрозу