Жрицы Мотры предсказали возвращение дракона Гидоры. Их предсказание сбывается: у берегов Японии появляется Гидора, давний враг Мотры. Дракон демонстрирует невиданную силу. Чтобы противостоять ему, разрабатывается рискованный план. Мотру переносят в прошлое, в эпоху динозавров. Там ей предстоит сразиться с Гидорой в молодости, когда он ещё не достиг такой мощи.