Ниннинджеров пригласили в Страну Чудес Ниндзя, где, по слухам, можно встретить известных воинов, таких как Хаттори Ханзо, Фуму Котаро и Сарутоби Саске. По прибытии они оказываются на борту поезда Ёкай Экспресс. Команда Токкюджеров, ранее сражавшаяся с темными силами, приходит им на помощь. Вскоре выясняется, что Страна Чудес Ниндзя – это на самом деле Темная Страна Ниндзя. Слуга Теневой Линии, известный как Темный Доктор Мабуро, создал клонов легендарных ниндзя, чтобы заманить туда Ниннинджеров. Такахару превращается в Темного Красного Ниндзя и пропадает.