Действие происходит в 2201 году. Автомобили F-Zero невероятно популярны, благодаря сверхскоростным гонкам. Рю Судзаку, начинающий гонщик, и таинственный соперник в маске борются за победу в этих вселенских соревнованиях. Неизвестно, что 150 лет назад Рю был полицейским. Он попал в серьезную аварию, получил тяжелые травмы и был помещен в искусственный сон. Теперь его задача — сорвать планы преступной организации. В этот конфликт вступает и загадочный гонщик в маске.