Японские города регулярно подвергаются нападениям кайдзю. Для защиты мирного населения создан Корпус обороны — элитное военное подразделение. После уничтожения монстров их останки убирают специальные бригады. Кафка Хибино работает в одной из таких бригад. В юности он мечтал стать частью Корпуса обороны, но безуспешно пытался пройти отбор. Встреча с паразитом меняет его жизнь: Кафка приобретает способность трансформироваться в кайдзю.