Четырнадцатилетний Синдзи Икари становится пилотом боевого робота «Еванглион». Его отец, Гэндо Икари, возглавляет организацию NERV. Синдзи замкнут и испытывает трудности в общении, остро переживая отстранённость отца. Подобные проблемы свойственны и другим молодым пилотам, а также сотрудникам NERV. Руководство организации скрывает от них истинную цель проекта.