Действие третьего сезона разворачивается в продолжение событий фильма. Группа «Мифрил» выполняет свои обычные задачи: пресекает террористические акты, противодействует экстремизму и участвует в урегулировании местных конфликтов. Угроза Тидори Канаме, похоже, миновала. Командование начинает сомневаться в необходимости дальнейного сопровождения Сагары, необходимого для боевых операций и испытаний «Арбалета». Главные герои заканчивают школу. Сагара впервые размышляет о своем будущем и о том, каким он его видит.