Дэн, Маручо и Шун оказываются втянутыми в конфликт между планетами Ниатия и Гандэлия. Гандэлия ведет войну против Ниатии, используя Бакуганов и людей для завоевания. Чтобы противостоять силам Гандэлии и так называемым Двенадцати приказам, они объединяют усилия с Фабией, принцессой Ниатии, Джейком, другом Дэна, и Рэном, бойцом с Гандэлии. Их цель — защитить Ниатию и предотвратить возможную угрозу Земле.