После войны с расой гигантов Зентради человечество столкнулось с угрозой вымирания. Для продолжения существования было принято решение об освоении космоса. За прошедшие годы люди исследовали многие уголки вселенной. В 2059 году гигантский Иммиграционный Флот, в составе которого находится корабль Макросс Фронтир, движется к центру галактики. Поп-звезда Шерил Ном даёт концерт на борту корабля. Внезапно поступает сообщение о приближении вражеского флота, прорывающего оборону. Ситуация ухудшается стремительно, объявляется боевая тревога. Несмотря на предпринятые меры, вражеские корабли продолжают приближаться к гражданским судам.