Действие разворачивается вокруг молодого пилота Хикару Ичидзё, его возлюбленной Мисы Хаясе и начинающей певицы Линн Минмэй. События происходят во время войны между людьми и Зентради – расой великанов, владеющей огромным космическим флотом. Зентради и Мельтанди, также великаны, живут обособленно и враждуют между собой. В результате войны практически вся жизнь на Земле уничтожена вместе с её обитателями. Выживает лишь экипаж и жители Макросса. Во время боевых действий Миса Хаясе и Хикару Ичидзё оказываются на разрушенной Земле, где находят город-крепость «Протокультуру» и отправляют сигнал Макроссу.