Через два года после расформирования 9-го отдела Мотоко Кусанаги и её команда вовлечена в новое расследование. В центре внимания — загадочный хакер, известный как Кукловод. В ходе следствия по делу о массовом похищении детей обнаруживается теневая организация, именуемая Сообщество Крепкого Государства. Глобальный заговор связывает старых коллег и ставит перед ними сложный выбор между законом и справедливостью.