В будущем, после катастрофы, уничтожившей большую часть человечества, выжившие сражаются с инопланетными существами, называемыми «Фестумы». Эти существа стремятся объединить всю жизнь в единое целое. На отдаленном японском острове Тацумия о происходящем предпочитают не говорить. Взрослые используют передовые технологии, чтобы защитить детей и дать им возможность сохранить детство. Остров на протяжении многих лет оставался последним тихим уголком на Земле. Однако однажды его защита оказывается нарушенной, и Фестумы прибывают на Тацумия. Теперь подросткам предстоит взять на себя роль защитников, поскольку именно их, благодаря генетическим модификациям, можно использовать для управления огромными боевыми машинами – Фафнирами.