В 3394 году солнечная система перестала существовать из-за действий инопланетной расы гауна. Оставшиеся люди живут на космических кораблях, заменивших им родной дом, и пытаются сохранить популяцию. Корабль «Сидония», на котором находится полмиллиона землян, долгое время скитался в космосе. Внезапно его путь пересекается с могущественным и опасным противником.