Десять лет спустя после того, как человечеству удалось остановить Доктора Хелла и его империю, Кодзи Кабуто продолжил дело своей семьи, став учёным. Он работает в лаборатории фотонной энергии. В ходе исследований, глубоко под горой Фудзи, он обнаруживает ранее неизвестную форму жизни. Эта находка несёт в себе новую угрозу. Судьба человечества вновь оказывается под защитой Мадзингера Зэда.