В будущем человечество столкнулось с доминированием «Океанской Империи», установившей контроль над мировым океаном с помощью передовых военных технологий. В ответ многие государства наращивают военную мощь, уделяя особое внимание подводным флотам. Япония создала Суперсубмарину 99 – инновационную разработку ученого Оки Джузо. В центре сюжета – Оки Сусуму, главный механик СС 99, и его товарищи по экипажу. Они отправляются в опасное путешествие, чтобы защитить Землю.