В 1999 году, во время изучения нового источника энергии на необитаемом острове, группа ученых ООН обнаружила портал в другую вселенную. Через этот портал на Землю проникли огромные биомеханические существа. Три года спустя Такуя получает просьбу о помощи от знакомой и возвращается на остров. Там, по слухам, находится его друг Харука. Он изменился.