Лицей «Вторая школа» регулярно входит в число лучших столичных учебных заведений. Однако его нынешняя репутация не сравнится с популярностью, которой он пользовался в конце 1960-х годов. В то время Вторая физико-математическая школа считалась самой сильной, престижной и известной. Мало кто сейчас помнит об уникальном педагогическом опыте, который не был продолжен, как и многие проекты «оттепели». Выпускники же сохраняют воспоминания об учебе в «Второй школе» как об одном из важнейших событий в жизни. Там их учили избегать стереотипов, преодолевать шаблонное мышление и заучивание наизусть, а главное – мыслить самостоятельно.