Дафна и её друзья едут в Японию, чтобы принять участие в турнире по боевым искусствам. Соревнование проходит на острове, где внезапно появляется армия ниндзя. Их возглавляет таинственный призрак Чёрного самурая. Команде Скуби-Ду предстоит остановить злодея, который планирует похитить древний свиток судьбы.