Прошло два года с момента победы команды супербойцов во главе с Клаудом Страйфом над Сефиротом. Наступил мир, и Клауд, желая забыть о прошлом, уединился в сиротском приюте. Он надеется найти утешение в заботе о детях. Однако спокойствие оказывается иллюзорным. На планете появляется загадочная болезнь, поражающая жителей. В окрестностях появляется незнакомец по имени Кададж, чьи намерения вызывают подозрения. Его планы каким-то образом связаны с сиротами.