Даллас, штат Техас, становится местом террористического акта — взрыв разрушает здание. Агенты ФБР Фокс Малдер и Дана Скалли начинают расследование. Вскоре они обнаруживают сложный заговор, представляющий серьезную угрозу. Агенты пытаются предотвратить распространение смертельного вируса, способного уничтожить жизнь на Земле, возможно, имеющего внеземное происхождение. В ходе расследования Малдер и Скалли сталкиваются с влиятельным синдикатом, готовым на все ради сохранения своих тайн. Преследуемые членами синдиката, агенты ФБР перемещаются между техасской пещерой, штаб-квартирой ФБР и секретной антарктической базой, где хранится ключевая информация.