В океане на протяжении многих лет бесследно исчезают суда. Выжившие рассказывают, что перед гибелью видели таинственный Корабль-призрак. В Токио появляется огромный робот Голем, разрушающий городские кварталы. Он заявляет о себе как о посланнике Корабля-призрака. Люди начинают пропадать на улицах города, и многие связывают эти исчезновения с деятельностью Корабля-призрака. Хаято, однако, не спешит верить в это. Он решает отправиться на поиски, чтобы раскрыть тайну Корабля-призрака и его капитана.